دو سیستم عامل مهم در زمینه ارائه خدمات هاستینگ وجود دارد: ویندوز و لینوکس

اما تفاوت هاست ویندوز و هاست لینوکس در چیست؟

وب سرور ویندوز IIS و وب سرور لینوکس Apache می باشد، سیستم عامل های ویندوز معمولاً گرانتر از سیستم عامل های لینوکس هستند، چراکه سیستم عامل های ویندوز open source نمی باشند و استفاده از آنها مستلزم خرید لیسانس (license) ویندوز سرور از مایکروسافت می باشد، ضمن اینکه معمولاً سرورهای ویندوز قابلیت بیشتری دارند و پشتیبانی از محصولات Microsoft بر روی این وب سرورها یک حسن محسوب می شود. اما سیستم عامل لینوکس open source و رایگان می باشد و برای استفاده از آن نیازی به پرداخت حق لیسانس نیست، سیستم عامل لینوکس معمولاً دارای ثبات و امنیت بیشتری نسبت به سرورهای ویندوز هستند و کمتر در معرض تهدید قرار می گیرند. البته با در نظر گرفتن تمامی مسائل امنیتی بر روی هر دو سیستم، امنیت هر دو پلتفورم تضمین شده است.

در بحث مقایسه هاستینگ لینوکس و هاستینگ ویندوز می توان گفت:
در کل سیستم عامل های ویندوز و لینوکس با توجه به هدف کاربران از داشتن وب سایت و برنامه ای که برای آن سایت در نظر دارند از هم متمایز می شوند.

سیستم عامل ویندوز از زبانهای ASP و ASP.NET پشتیبانی می کند که صاحب امتیاز آن شرکت مایکروسافت است. ASP تنها در سرورهای ویندوز قابل اجرا می باشد و لینوکس این زبانها را پشتیبانی نمی کند.

سیستم عامل لینوکس از زبانهای Perl , Python , PHP و CGI پشتیبانی می کند. زبانهای PHP در برخی از سرورهای ویندوز قابل اجرا هستند، اما PHP نصب شده بر روی سرور ویندوز در برخی موارد مشکلاتی را به وجود می آورد و تعدادی از دستورات آن تفاوت دارد.

به طور معمول و استاندارد برای ASP و ویندوز از بانک اطلاعاتی SQL Server استفاده می شود و برای PHP و لینوکس از بانک اطلاعاتی My SQL.

برای انتخاب یکی از سیستم عامل های ویندوز و لینوکس باید ابتدا نیاز و درخواست کاربر از وب سایت بررسی شود، سپس با توجه به زبان برنامه نویسی طراحی سایت، سیستم عامل انتخاب شود. درصورتیکه برای طراحی وب سایت از سیستم های مدیریت محتوا (CMS) و یا پورتال  استفاده شود، ابتدا می بایست مشخصات مورد نیاز CMS یا پرتال با دقت بررسی و با توجه به آن سیستم عامل انتخاب شود.

برای استفاده از هر یک از دو سیستم عامل ویندوز و لینوکس نیازی نیست که کار با آن را یاد گرفت، برخی از کاربران به اشتباه تصور می کنند برای استفاده از سیستم عامل لینوکس می بایست بر روی کامپیوترهای شخصی خود، سیستم عامل لینوکس نصب کنند. این فرضیه اشتباه است و در واقع برای کار با هر دو سیستم عامل ویندوز و لینوکس از یک واسط مدیریتی به نام کنترل پنل استفاده خواهد شد. کنترل پنل های پلسک (Plesk)، هلم (Helm) ،وب سایت پنل (websitepanel ) و هاستینگ کنترولر (Hosting Controller) برای Windows و کنترل پنل های سی پنل (Cpanel)، دایرکت ادمین (DirectAdmin)، پلسک (Plesk) و کلوکزو (Kloxo) برای Linux استفاده می شود.
هردو سیستم عامل ویندوز و لینوکس دارای سرعت یکسان می باشند چراکه معمولاً اکثر سرورها از سخت افزاری در یک سطح استفاده می کنند.